A hősök frakciókon átívelő karakterek, akiket fokozatosan vezetnek be: bevetésüktől kezdve elérhetők, és a velük kompatibilis küldetések teljesítésével fejlődnek. Mindegyiküknek két kiegészítőhelye van.
A Frakció > Hősök oldal kizárólag a már elérhető hősöket sorolja fel; a jövőbeli helyek nem jelennek meg rajta. Egy hős lehet szabad vagy küldetéshez rendelt; a küldetés ideje alatt nem érhető el, de a frakcióváltás nem szakítja meg a már megkezdett küldetést.
Minden hősnek saját, kompatibilis küldetéslistája, bónuszai és tapasztalatszerzési szabályai vannak. Küldetés választásakor csak a kompatibilis hősök jelennek meg. Mira Venn esetében az ásatások során óránként szerezhető tapasztalat részleteit a Hősök az ásatási küldetéseken ismerteti. Naël Soryn 400 XP-t kap minden olyan hack végén, amely a Pillér feltörésére irányul és 30 perc-ig tart, akkor is, ha őt észlelik, vagy nem figyelhető meg mozgás; a Codex a szintjével arányosan növeli ezt a tapasztalatmennyiséget. Mira és Naël 20 szinten át fejlődnek, legfeljebb 112 650 XP-ig.
Egy birtokolt kiegészítőt egyszerre csak egy hős viselhet. Felszerelni és levenni csak akkor lehet, ha a hős szabad, frakcióváltás után is. A kiegészítők és a hős fejlődése a játékoshoz kötött. A kiegészítők katalógusát és átruházási szabályait a Hősök kiegészítői ismerteti.