Izkopavanje je kopenska PvE-misija, ki se zažene v Operacije → Stebri → Izkopavanje. Ekipo pošlje na arheološko najdišče, da iz njega pridobi redke vire ali drobce dodatkov; pri tem lahko prebudi sovražno prisotnost.
Izkopavanja so neodvisna od raziskovanj: ne zahtevajo flote, nanje ne vpliva zunanje okolje in jih ni mogoče ročno preklicati. Vsako zasede eno mesto v globalni kvoti aktivnih misij; zgornja meja in način štetja sta opisana v Zagon in število izkopavanj.
Vsaka prosta lokacija na planetu trajno dobi naključen profil najdišča. V Galaksiji izberi lokacijo, na kateri je na voljo Izkopavanje, nato pripravi ekipo prek Stebrov; zemljevid ne uporablja več oštevilčenih položajev znotraj sistema. Profil ostane prisoten, dokler lokacija ni kolonizirana, vendar izkopavanja ni mogoče zagnati na že zasedeni lokaciji. Več igralcev lahko isto prosto najdišče izkopava hkrati: njihove misije in rezultati ostanejo popolnoma neodvisni. Isti igralec ima lahko na tej lokaciji hkrati le eno aktivno izkopavanje. Glej Krmarjenje po neprekinjenem zemljevidu, da te lokacije ločiš od točk PvE.

