Izkopavanje je kopenska PvE-misija, ki se zažene iz Operacije → Stebri → Izkopavanje. Ekipo pošlje na arheološko najdišče, da iz njega pridobi redke vire ali drobce dodatkov, pri čemer lahko prebudi sovražno prisotnost.
Izkopavanja so neodvisna od raziskovanj: ne zahtevajo flote, nanje ne vpliva zunanje okolje in jih ni mogoče ročno preklicati. Vsako zasede eno mesto v globalni kvoti aktivnih misij; zgornja meja in način štetja sta opisana v Zagon in število izkopavanj.
Vsak planetarni položaj od 1 do 10 trajno prejme naključen profil najdišča. Profil ostane prisoten, dokler lokacija ni kolonizirana, vendar izkopavanja ni mogoče zagnati na že zasedenem položaju. Več igralcev lahko isto prosto najdišče izkopava hkrati: njihove misije in rezultati ostanejo povsem neodvisni. Isti igralec ima lahko na istih koordinatah hkrati le eno aktivno izkopavanje.

