Bohaterowie to postacie międzyfrakcyjne dodawane stopniowo: stają się dostępni zaraz po wdrożeniu i rozwijają się, wykonując kompatybilne misje. Każdy ma dwa miejsca na akcesoria.
Strona Frakcja > Bohaterowie wyświetla wyłącznie faktycznie dostępnych bohaterów, bez pokazywania przyszłych miejsc. Bohater może być wolny lub przydzielony do misji; podczas tego przydziału pozostaje niedostępny, ale zmiana frakcji nie przerywa już rozpoczętej misji.
Każdy bohater ma własną listę kompatybilnych misji, bonusy i zasady zdobywania doświadczenia. Podczas wyboru misji wyświetlani są tylko kompatybilni bohaterowie. Przyrost doświadczenia na godzinę podczas Wykopalisk dla Miry Venn opisano w artykule Bohaterowie w misjach wykopaliskowych. Naël Soryn otrzymuje 400 XP po zakończeniu każdego hakowania Filarów trwającego 30 minut, nawet jeśli go wykryto lub nie zaobserwowano żadnego ruchu; Codex zwiększa tę wartość zależnie od swojego poziomu. Mira i Naël przechodzą przez 20 poziomów, osiągając maksymalnie 112 650 XP.
Akcesorium należące do gracza może być w danym momencie wyposażone tylko u jednego bohatera. Akcesoria można zakładać i zdejmować tylko wtedy, gdy bohater jest wolny, także po zmianie frakcji. Akcesoria i rozwój bohatera pozostają przypisane do gracza. Katalog akcesoriów i zasady ich transferu opisano w artykule Akcesoria bohaterów.