Wykopaliska to naziemna misja PvE uruchamiana z Operacje → Filary → Wykopaliska. Wysyła zespół na stanowisko archeologiczne, aby wydobyć rzadkie zasoby lub fragmenty akcesoriów, z możliwością obudzenia wrogiej obecności.
Wykopaliska są niezależne od eksploracji: nie wymagają floty, nie wpływa na nie środowisko zewnętrzne i nie można ich ręcznie odwołać. Każda z nich zajmuje jedno miejsce w globalnym limicie aktywnych misji; limit i sposób jego naliczania opisano w sekcji Uruchamianie wykopalisk i ich liczba.
Każda pozycja planetarna od 1 do 10 ma na stałe przypisany losowy profil stanowiska. Profil pozostaje na niej, dopóki nie zostanie skolonizowana, ale wykopalisk nie można rozpocząć na już zajętej pozycji. Kilku graczy może jednocześnie prowadzić wykopaliska na tym samym wolnym stanowisku: ich misje i wyniki pozostają całkowicie niezależne. Ten sam gracz może prowadzić tylko jedno aktywne wykopalisko na tych samych współrzędnych.

